파이썬3
슬라이싱 (slicing)을 통한 k-mer 생성기
TTSR
2024. 5. 22. 09:53
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def slicer(seq,peplen):
'''
정해진 길이로 sequence를 slicing해주는 명령어
seq : 서열정보
peplen : sliced peptide length
'''
if len(seq)<peplen:
return []
else:
sliced=[seq[start:(start+peplen)] for start in range(0,len(seq)-peplen+1)]
sliced=[i for i in sliced if len(i)==peplen]
return sliced
slicer(seq='abcdefghijk',peplen=8)
['abcdefgh','bcdefghi','cdefghij','defghijk']
slicer(seq='abcdefghijk',peplen=12)
['abcdefghijk']
slicer(seq='abcdefghijk',peplen=13)
[]
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