scanpy/Seurat의 h5 파일 관련 오류

h5파일을 불러올 때 에러가 나는 경우가 있다.

이는 R의 Seurat package를 활용해도 마찬가지이다.

scanpy로 read_visium했을 때의 오류 메세지

이런 것은 h5의 포맷이 여러가지인데 Operating system에서 사용되는 h5관련 프로그램이 오래되서이다.

visium에 나오는 h5포맷은 버전이 최소 2나 3으로 생각되며 이러한 것들이 문제가 된다.

이 문제가 발생했을 때 내 h5프로그램 버전은 아래와 같다.

 

h5cc -showconfig
# HDF5 Version: 1.10.6

다소 오래된 것을 확인할 수 있다.

 

프로그램을 업데이트 하는법은 못찾았지만 업데이트 없이도 해결법은 간단하다.

아래의 명령어를 넣으면 된다. 그 다음에 source ~/.bashrc를 하면 된다.

vim ~/.bashrc

#bashrc 파일에 아래의 명령어를 삽입한다.
export HDF5_USE_FILE_LOCKING=FALSE

이제 다시 컴퓨터에 로그인해도 문제 없이 잘 불러올 수 있는 것을 볼 수 있다.