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Bioinformatics(생정보학)/머신러닝

DeepDEP 도커 환경

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DeepDEP는 저자들이 도커환경을 제공해주고 있지만 gpu가 호환이 안되는 문제가 발생할 수 있음

예측하는 것은 시간이 별로 안 걸리니 cpu로 학습 모델이 돌아가게 만듬.

훈련은 아마 할 수 있겠지만 시간이 매우 많이 걸릴 것으로 생각됨.

 

# DeepDEP논문에 나온 github대로 하면 에러가 많이 생김 아마 gpu 호환 문제인거 같은데 정확히는 모르겠음
# 이 때문에 도커를 완전히 갈아 엎어서 새로 만듬.

FROM ubuntu:18.04
RUN apt-get update
RUN apt-get -y install software-properties-common
RUN add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa

# 파이썬 설치
RUN apt-get update
RUN apt-get -y install python3.5
RUN update-alternatives --install /usr/bin/python3 python3 /usr/bin/python3.5 1

# 파이썬 라이브러리 설치
RUN apt-get -y install python3-pip
RUN pip3 install --upgrade --ignore-installed pip setuptools
# setuptools 어쩌고를 안해주면 에러가 남.
RUN pip3 install -U keras==1.2.2
RUN tensorflow==1.4.0
RUN pip3 install h5py==2.7.1
RUN pip3 install pandas
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