freebayes dockerfile

# Freebayes를 구동하기 위한 dockerfile임.
FROM ubuntu:20.04

# 이상한 메세지 블락하기
ARG DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

# 필요 라이브러리 설치 시작
RUN apt-get update
RUN apt-get -y install software-properties-common
#RUN add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa

# Working directory 설정
WORKDIR /home

# 패키지 업데이트
RUN apt-get update
RUN apt-get install -y build-essential
RUN apt-get install -y cmake
RUN apt-get install -y zlib1g-dev
RUN apt-get install -y libncurses-dev
RUN apt-get install -y git

# 파이썬 설치
# 파이썬 3.8로 하는 이유는 freebayes가 python 3.5보다 높은 것을 요구함
# 파이썬 3.10의 경우는 너무 최신인지 패키지들이 안맞는지 에러로 인해 3.8로 진행함.
#RUN apt-get update
RUN apt-get -y install python3.8
RUN update-alternatives --install /usr/bin/python3 python3 /usr/bin/python3.8 1
RUN apt-get -y install python3-pip
RUN apt-get -y install python3.8-distutils
#RUN pip3 install --upgrade pip wheel setuptools requests

# 의존성 라이브러리 추가 설치
RUN python3 -m pip install meson
RUN python3 -m pip install ninja
RUN apt-get -y install samtools
RUN apt-get -y install parallel
RUN apt-get -y install libvcflib-tools
RUN apt-get -y install vcftools
RUN apt-get -y install bc
RUN apt-get install -y pkg-config
RUN apt-get -y install liblzma-dev

# freebayes 설치
RUN git clone --recursive https://github.com/freebayes/freebayes.git

# 실행 가능여부 확인 
WORKDIR /home/freebayes
RUN ls
RUN cd /home/freebayes/ && meson setup /home/freebayes/build/ --buildtype debug
WORKDIR /home/freebayes/build
RUN cd /home/freebayes/build && ninja
RUN cd /home/freebayes/build && ninja test
WORKDIR /home

2023년 2월 21일 기준 가장 최신 freebayes 버전은 1.3.7임.

git clone을 통해 항상 최신 버전으로 설치하므로 나중에 안될 가능성도 존재함.