전체 글 썸네일형 리스트형 TCGA data 다운로드 관련 https://www.biostars.org/p/96209/https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/tcgaBiolinks.html#tcgaanalyze_preprocessing-preprocessing-of-gene-expression-data-illuminahiseq_rnaseqv2 source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks) # Gene expression downloadluadexp 더보기 ARACNE R package Algorithm for the Reconstruction of Accurate Cellular NEtworkssource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite('minet') data(syn.data)mim 더보기 ensembl 버전별 archive http://asia.ensembl.org/info/website/archives/index.html?redirect=no gtf 파일 등을 받을 수 있는 곳 37.75 gtf를 받으려면 wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz 더보기 cufflinks 깔기 http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/install/1. 다운로드wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 2. 압축풀기tar zxvf cufflinks-2.2.1.tar.gzcd cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/ 3. boost와 eigen위치 설정1. boost library 설치wget https://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.63.0/boost_1_63_0.tar.gztar zxvf boost_1_63_0.tar.gzcd boost_1_63_0.. 더보기 벤다이어 그램 그리기 require(VennDiagram) vp 더보기 파일 압축하기, 압축풀기 폴더 안의 모든 파일들을 압축 해제하는 방법 (decompress)1. gz의 형태의 경우gunzip -r /home/osj118/tmp (경로) 2. tar의 형태인 경우tar xvzf downloaded.tar.gztar -xvf test.tar.bz2tar -xvf file.tar3. 압축풀기unzip happy.zip -d ./target 폴더 안의 모든 파일들을 압축하는 방법 (compress)1. gz의 형태의 경우gzip {filename} 2. bz2의 경우bzip2 {filename} 3. zip의 경우zip -r {.zip-filename} {filename-to-compress} (i.e zip -r data.zip *.doc) 4. tar의 경우tar -zcvf {.tgz-file}.. 더보기 수학기호 ∀ : For all, 전부다 더보기 bwa 설치 및 명령어 bowtie1. 다운로드1) https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/?source=typ_redirect2) 적절한 버전을 선택한다. 2. 압축을 푼다(unzip)tar jxf bwa-0.6.2.tar.bz2 3. make와 make install실행makemake install 4. path설정export PATH=$PATH:/mnt/tools/bwa-0.6.2진하게 쓴 부분은 bwa의 경로를 설정하면 된다. 5. /usr/local/bin 으로 bwa를 cp해서 옮긴다.cp /path/to/bwa /usr/local/bin/bwa 6. reference genome 다운로드 받기 및 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/.. 더보기 이전 1 ··· 90 91 92 93 94 95 다음