Bioinformatics(생정보학) 썸네일형 리스트형 picard 설치하기 및 실행 1. sourceforge에 들어가서 적절한 버전을 선택해 다운로드wget https://sourceforge.net/projects/picard/files/picard-tools/1.73/picard-tools-1.73.zip 2. 압축풀기unzip picard-tools-1.73.zipcd picard-tools-1.73 3. java 버전 업데이트수동으로 깔 경우 반드시 필요함. 각 피카드는 각각의 자바버전에 맞춰서 진행해야함.1.73의 경우는 자바 1.6이어야함. 자바 1.6sudo apt-get install oracle-java6-installer 자바 1.7sudo apt-get install oracle-java7-installer 자바 1.8 sudo add-apt-repository p.. 더보기 UCSC gtf 파일 받기 Maybe what you want is the refFlat table from UCSC? Select Group: Gene and Gene prediction tracks; Track: RefSeq genes; Table: refFlat. Output format: GTF. A sample output for the Actb gene in mouse looks like this:출처 : http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=23361 더보기 TCGA data 다운로드 관련 https://www.biostars.org/p/96209/https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/tcgaBiolinks.html#tcgaanalyze_preprocessing-preprocessing-of-gene-expression-data-illuminahiseq_rnaseqv2 source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks) # Gene expression downloadluadexp 더보기 ARACNE R package Algorithm for the Reconstruction of Accurate Cellular NEtworkssource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite('minet') data(syn.data)mim 더보기 ensembl 버전별 archive http://asia.ensembl.org/info/website/archives/index.html?redirect=no gtf 파일 등을 받을 수 있는 곳 37.75 gtf를 받으려면 wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz 더보기 cufflinks 깔기 http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/install/1. 다운로드wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 2. 압축풀기tar zxvf cufflinks-2.2.1.tar.gzcd cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/ 3. boost와 eigen위치 설정1. boost library 설치wget https://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.63.0/boost_1_63_0.tar.gztar zxvf boost_1_63_0.tar.gzcd boost_1_63_0.. 더보기 bwa 설치 및 명령어 bowtie1. 다운로드1) https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/?source=typ_redirect2) 적절한 버전을 선택한다. 2. 압축을 푼다(unzip)tar jxf bwa-0.6.2.tar.bz2 3. make와 make install실행makemake install 4. path설정export PATH=$PATH:/mnt/tools/bwa-0.6.2진하게 쓴 부분은 bwa의 경로를 설정하면 된다. 5. /usr/local/bin 으로 bwa를 cp해서 옮긴다.cp /path/to/bwa /usr/local/bin/bwa 6. reference genome 다운로드 받기 및 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/.. 더보기 gsnap(genetech) install(설치) 1. 설치파일 다운로드http://research-pub.gene.com/gmap/ 2. root계정 활성화su 3. 설치파일 압축풀기tar xvzf gmap-gsnap-2017-01-14.tar.gz 4. configure 그리고 make 그리고 make installcd gmap-gsnap-2017-01-14./configuremakemake install 5. reference 파일 다운받기 및 reference build하기wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.gzgunzip -R Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.prim.. 더보기 이전 1 ··· 8 9 10 11 12 다음