R관련 썸네일형 리스트형 리눅스에서 R update하기 (fedora) yum update R 문제는 fedora의 경우 support가 너무 빨리 끝나기 때문에 OS자체의 업데이트가 필요한 경우가 있음. 더보기 biomaRt connection관련 가끔 업데이트나 버그 등으로 GRCH37 등의 ensembl이용이 불가능한 경우가 있으면 다음과 같이하면됨http://grch37.ensembl.org/biomart/martview 들어가서 접속되는지 확인 [되든 안되든 안되면 아래의 명령어 실행] ensembl_75 = useMart(biomart="ENSEMBL_MART_ENSEMBL", host="feb2014.archive.ensembl.org", path="/biomart/martservice", dataset="hsapiens_gene_ensembl") 또는 최신버전으로 깔면됨. BiocInstaller::biocLite('grimbough/biomaRt') 더보기 biomart gene symbol conversion # Grch37로 하고 싶은 경우(hg19)library(biomaRt) ensembl = useEnsembl(biomart="ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl", GRCh=37, version=75)listAttributes(ensembl) getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','hgnc_symbol','hgnc_id') ,filters = 'ensembl_gene_id', values = syms[1], mart = ensembl) 더보기 liftover (genome location transformation) library(GenomicRanges) library(rtracklayer) library(Homo.sapiens) library(BiocGenerics) library(liftOver) source("http://bioconductor.org/workflows.R") #workflowInstall("liftOver") # Chain을 loading함# chain file들은 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/ 에서 다운로드 가능함. ch 더보기 R 단축키들 (R shortcut key) https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200711853-Keyboard-Shortcuts Ctr+L : Console창 clearCtr+1 : Move focus to Source EditorCtr+2 : Console창으로 이동 더보기 circular dendrogram 그리기 mat 더보기 gsub in r http://www.endmemo.com/program/R/gsub.php 더보기 Complex heatmap https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/packages/3.1/bioc/vignettes/ComplexHeatmap/inst/doc/ComplexHeatmap.html 더보기 이전 1 2 3 4 5 6 7 8 다음