RSEM tools

wget http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/src/rsem-1.2.21.tar.gz
tar xf rsem-1.2.21.tar.gz
cd  rsem-1.2.21
make
make ebseq

이후 reference file에 대해 rsem index를 만들어야함 아래는 bowtie index를 만드는 것으로 patel 2014 gbm data를 위해서 사용한 것임.

reference genome은 gtf에 맞는 것을 써야함.

#!/bin/bash
rsem-prepare-reference --gtf ensGene.20151111.new_name.gtf \
--bowtie \
/mnt/reference/hg19/wholegenome.fa \
/mnt/reference/samsung/rsem_samsung

# Alignment 시에는 rsem index가 된거로 해야함.

rsem-calculate-expression --bowtie-n 0 --bowtie-m 15 -p 8 --estimate-rspd  SRR1295139.fastq  /mnt/reference/samsung/rsem_samsung srr

TPM과 FPKM값을 얻는 방법

sam file이 input인 경우

rsem-calculate-expression --sam --alignments --paired-end SRR1294588.sam /mnt/reference/samsung/rsem_samsung SRR1294588

결과물은 SRR1294588.genes.results로 저장됨.