Bioinformatics(생정보학)/Single-cell-analysis 썸네일형 리스트형 scanpy/Seurat의 h5 파일 관련 오류 h5파일을 불러올 때 에러가 나는 경우가 있다. 이는 R의 Seurat package를 활용해도 마찬가지이다. 이런 것은 h5의 포맷이 여러가지인데 Operating system에서 사용되는 h5관련 프로그램이 오래되서이다. visium에 나오는 h5포맷은 버전이 최소 2나 3으로 생각되며 이러한 것들이 문제가 된다. 이 문제가 발생했을 때 내 h5프로그램 버전은 아래와 같다. h5cc -showconfig # HDF5 Version: 1.10.6 다소 오래된 것을 확인할 수 있다. 프로그램을 업데이트 하는법은 못찾았지만 업데이트 없이도 해결법은 간단하다. 아래의 명령어를 넣으면 된다. 그 다음에 source ~/.bashrc를 하면 된다. vim ~/.bashrc #bashrc 파일에 아래의 명령어를 .. 더보기 이전 1 다음
