Bioinformatics(생정보학) 썸네일형 리스트형 계산된 blosum62 점수를 얻는 기능 def blosum62_score(): ''' 이 기능은 blosum62 score matrix 행렬과 20 x 20] 이를 dictionary 형태로 바꾼 것을 주는 기능이다. #return return[0] = 24 x 24 blosum62 matrix return[1] = 24 x 24 blosum62 dictionary {('amino','acid'):score,......} ''' import Bio from Bio.Align import substitution_matrices mat=substitution_matrices.load("BLOSUM62") alphabet=list(mat.alphabet) # DataFrame d.. 더보기 Atchley amino acid factor 테이블 출처 Solving the protein sequence metric problemhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15851683/ 더보기 fasta 파일의 특정 영역을 N으로 마스킹 (masking) 하기 1. 개요 유전체 영역의 특정 지역의 서열 (A/T/G/C)를 N으로 지워야 할 때가 있을 수 있다.이 때 사용할 수 있는 방법이다. 2. 내용a. bedtools를 설치한다b. 지울영역의 bed파일을 만든다.bed파일의 형태는 chromosome, start, end이고 tab-deliminated 이며 header가 없어야 한다.c. bedtools maskfasta [OPTIONS] -fi -bed -fo $ cat test.fa>chr1AAAAAAAACCCCCCCCCCCCCGCTACTGGGGGGGGGGGGGGGGGG$ cat test.bedchr1 5 10$ bedtools maskfasta -fi test.fa -bed test.bed -fo test.fa.out$ cat test.fa.ou.. 더보기 [de novo assembly] cap3 설치법 1. 개요CAP3를 설치하는 방법을 알아본다.실행환경은 리눅스이다. 그리고 conda가 깔려 있어야 한다. 2. 설치conda install bioconda::cap3설치 시에 진행 여부를 물으면 y를 누르고 엔터를 누른다. 3. 설치 확인터미널에서 cap3를 치면 관련 설명이 나온다.cap3자세한 것들은 차근차근 분석해 봐야겠다. 더보기 Samtools 설치법 1. 주의사항 여기서 서술된 것은 좀 오래된 버전을 다운 받아서 하는 것부터 진행된다. 최신 버전은 git-hub에 들어가서 다운받아서 하면 된다. 버전에 따른 데이터를 다운 받는 것이 다를 뿐 나머지 설치과정은 동일하다. 2. 다운로드를 받고 압축을 풀어준다. 여기서 보여주는 것은 오래된 samtools 버전이다. # 다운로드 wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2 # 압축풀기 tar -xf samtools-0.1.19.tar.bz2 3. make를 통해 컴파일을 해준다. # 경로 이동 및 samtools make cd samtools-0.1.19 && make 4. samto.. 더보기 pMHC1 binding benchmark running script ''' 이 스크립트는 주어진 pMHC1 조합들에 대해 아래의 툴에 대한 score를 산출하는 스크립트임. NetMHCpan 4.1 MixMHCpred2.0.2 DeepOmicsNEO MHCflurry 2.1.0 mhcnuggets ''' #파라미터 및 라이브러리 셋팅 params={ 'in':'/data01/dataset/neoantigen/public/iedb/20240308/minor-allele-testset.pickle' ,'out':'/data01/dataset/neoantigen/public/iedb/20240308/minor-allele-testset.pickle' # Softwares ,'mixmhcpred':'/data03/project/sjoh/00_tools/MixMHCpred/Mix.. 더보기 mhcnuggets 도커파일 경고 mhcnuggets는 도커 관리가 개판인 것으로 보임. 잘 안된다. 이 문제는 텐서플로우 버전과 관련된 것으로 추정되는데 저자들이 안 고치고 있다. 2024년 3월 18일 # git : https://github.com/KarchinLab/mhcnuggets/tree/master FROM python:3 COPY . mhcnuggets WORKDIR /mhcnuggets RUN python3 setup.py sdist bdist_wheel RUN pip install dist/mhcnuggets-2.4.0.tar.gz # 이부분은 에러가 생길 수 있는데 이 때는 mhcnuggets의 버전 이름을 바꿔야한다. # git에 있는 버전은 계속 업데이트 되는거 같은데 dockerfile에 적힌 버전은 관리.. 더보기 mhcflurry 설치, 실행 및 결과 불러오기 1. 설치 pip install mhcflurry mhcflurry-downloads fetch # mhcflurry 실행을 위한 파일들이 있는 경로는 아래의 명령어로 확인 가능하다. # mhcflurry-downloads path models_class1_presentation 위의 방식이 안될 때는 그냥 도커를 활용하자 아래는 도커파일이다. 이 url에서 먼저 데이터들을 다운 받는다 https://github.com/openvax/mhcflurry/ 그후 dockerfile을 수정한다. # mhcflurry dockerfile FROM continuumio/miniconda3:latest LABEL maintainer="Tim O'Donnell timodonnell@gmail.com" WORKDIR .. 더보기 이전 1 2 3 4 ··· 12 다음
