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R관련

GEOquery, microarray, getGEO

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GEOquery로 데이터 다운 받기


#Raw data받기 [CEL file이 제공되지 않은 경우도 있음]

#getGEOSuppFiles('GSE13861')

#processed data받기

gse13861=getGEO('GSE13861',GSEMatrix = T)


# Extract information

eset=gse13861[[1]]

phe_info=pData(eset) # Phenotopic information

exp=exprs(est) # Expression data

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