Boolean network

 

https://cran.r-project.org/web/packages/BoolNet/vignettes/BoolNet_package_vignette.Snw.pdf

BoolNet

 

참조하면 좋은 논문

 

Network Analysis Identifies Regulators of Basal-Like Breast Cancer Reprogramming and Endocrine Therapy
Vulnerability

DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-21-0621

 

해당 논문은 git-hub을 제공하지 않았기 때문에 method로 유추할 때

1) 저자들이 supplementary 3의 논문들로 boolean network를 만들고 [28개 유전자]

2) 이를 BoolNet package에서 initial state를 무작위로 14개는 on과 14개는 off를 시키면서 attractor별로 luminalA인지 basal-like attractor인지 구분을 함.

# 예시코드는 아마 아래일듯
library(BoolNet)
data(cellcycle)

initial_state=rep(1,28)
initial_state[sample(1:28,14)]=0
getPathToAttractor(network,initial_state)

3) input intensity를 조정하면서 EGF의 input signal을 조정했는데 EGFR과 basal-like attractor간에는 무관하다는 것을 밝힘.