원하는 위치를 포함하는 K-mer 펩타이드 서열 생성하기

def generate_peptides(seq, pos, length):
    """
    Generate peptide sequences from a given peptide sequence.

    Parameters:
    - seq: The input peptide sequence (string).
    - pos: The starting position for generating peptides (integer).
    - length: The length of the generated peptides (integer).

    Returns:
    - A list of generated peptide sequences.
    """
    # Generate peptide sequences
    start=max([0,pos-length+1])
    end=pos+1
    peptides = [seq[i:i+length] for i in range(start, end)]
    peptides = list(filter(lambda x: len(x)==length,peptides))
    return peptides

# Example usage:
input_sequence = "AVASTUZ"
position = 3
peptide_length = 4

result = generate_peptides(input_sequence, position, peptide_length)
print(result)

 

해당 기능은 주어진 서열에 대해서 특정 위치를 지정하면 해당 위치의 아미노산을 포함하는 일정 길이의 펩타이드를 생성하는 기능임.

 

예시 데이터에서는

0-based index 시스템에서 3번 째 위치이니 S를 포함한 길이 4개의 펩타이드 서열을 생성하므로

['AVAS','VAST','ASTU','STUZ']가 생성된다.