[biopython] fasta파일 불러들이기

생명정보학에서 DNA/RNA/단백질 서열 분석은 자주 필요한 것이다.

이러한 것들은 fasta라고 하는 것으로 일반적으로 정리되어 있다.

 

biopython에서는 이를 손쉽게 불러들여와서 전처리해주는 기능이 있다.

 

from Bio import SeqIO

# 아래는 fasta파일의 용량이 작을 때 사용하기 용이하다.
record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("example.fasta", "fasta"))
print(record_dict["gi:12345678"])  # use any record ID

# 아래는 fasta파일의 용량이 클 때 사용한다.
# 필요한 부분만 사용자가 찾을 때 값을 반환한다.
from Bio import SeqIO

record_dict = SeqIO.index("example.fasta", "fasta")
print(record_dict["gi:12345678"])  # use any record ID

https://biopython.org/wiki/SeqIO