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파이썬3

슬라이싱 (slicing)을 통한 k-mer 생성기

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def slicer(seq,peplen):
    '''
    정해진 길이로 sequence를 slicing해주는 명령어
    seq : 서열정보
    peplen : sliced peptide length
    '''
    if len(seq)<peplen:
        return []
    else:
        sliced=[seq[start:(start+peplen)] for start in range(0,len(seq)-peplen+1)]
        sliced=[i for i in sliced if len(i)==peplen]
        return sliced
        
slicer(seq='abcdefghijk',peplen=8)
['abcdefgh','bcdefghi','cdefghij','defghijk']

slicer(seq='abcdefghijk',peplen=12)
['abcdefghijk']

slicer(seq='abcdefghijk',peplen=13)
[]
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