BLOSUM100 matrix 파이썬

biopython에서는 BLOSUM100를 제공하지 않아서 만들었다.

import pandas as pd
def blosum100():
    x="""
       A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
    A  8 -3 -4 -5 -2 -2 -3 -1 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -2  1 -1 -6 -5 -2 -4 -2 -2 -10 
    R -3 10 -2 -5 -8  0 -2 -6 -1 -7 -6  3 -4 -6 -5 -3 -3 -7 -5 -6 -4 -1 -3 -10 
    N -4 -2 11  1 -5 -1 -2 -2  0 -7 -7 -1 -5 -7 -5  0 -1 -8 -5 -7  5 -2 -3 -10 
    D -5 -5  1 10 -8 -2  2 -4 -3 -8 -8 -3 -8 -8 -5 -2 -4 -10 -7 -8  6  0 -4 -10 
    C -2 -8 -5 -8 14 -7 -9 -7 -8 -3 -5 -8 -4 -4 -8 -3 -3 -7 -6 -3 -7 -8 -5 -10 
    Q -2  0 -1 -2 -7 11  2 -5  1 -6 -5  2 -2 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 -2  5 -2 -10 
    E -3 -2 -2  2 -9  2 10 -6 -2 -7 -7  0 -5 -8 -4 -2 -3 -8 -7 -5  0  7 -3 -10 
    G -1 -6 -2 -4 -7 -5 -6  9 -6 -9 -8 -5 -7 -8 -6 -2 -5 -7 -8 -8 -3 -5 -4 -10 
    H -4 -1  0 -3 -8  1 -2 -6 13 -7 -6 -3 -5 -4 -5 -3 -4 -5  1 -7 -2 -1 -4 -10 
    I -4 -7 -7 -8 -3 -6 -7 -9 -7  8  2 -6  1 -2 -7 -5 -3 -6 -4  4 -8 -7 -3 -10 
    L -4 -6 -7 -8 -5 -5 -7 -8 -6  2  8 -6  3  0 -7 -6 -4 -5 -4  0 -8 -6 -3 -10 
    K -2  3 -1 -3 -8  2  0 -5 -3 -6 -6 10 -4 -6 -3 -2 -3 -8 -5 -5 -2  0 -3 -10 
    M -3 -4 -5 -8 -4 -2 -5 -7 -5  1  3 -4 12 -1 -5 -4 -2 -4 -5  0 -7 -4 -3 -10 
    F -5 -6 -7 -8 -4 -6 -8 -8 -4 -2  0 -6 -1 11 -7 -5 -5  0  4 -3 -7 -7 -4 -10 
    P -2 -5 -5 -5 -8 -4 -4 -6 -5 -7 -7 -3 -5 -7 12 -3 -4 -8 -7 -6 -5 -4 -4 -10 
    S  1 -3  0 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -5 -6 -2 -4 -5 -3  9  2 -7 -5 -4 -1 -2 -2 -10 
    T -1 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -5 -4 -3 -4 -3 -2 -5 -4  2  9 -7 -5 -1 -2 -3 -2 -10 
    W -6 -7 -8 -10 -7 -5 -8 -7 -5 -6 -5 -8 -4  0 -8 -7 -7 17  2 -5 -9 -7 -6 -10 
    Y -5 -5 -5 -7 -6 -4 -7 -8  1 -4 -4 -5 -5  4 -7 -5 -5  2 12 -5 -6 -6 -4 -10 
    V -2 -6 -7 -8 -3 -5 -5 -8 -7  4  0 -5  0 -3 -6 -4 -1 -5 -5  8 -7 -5 -3 -10 
    B -4 -4  5  6 -7 -2  0 -3 -2 -8 -8 -2 -7 -7 -5 -1 -2 -9 -6 -7  6  0 -4 -10 
    Z -2 -1 -2  0 -8  5  7 -5 -1 -7 -6  0 -4 -7 -4 -2 -3 -7 -6 -5  0  6 -2 -10 
    X -2 -3 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -2 -6 -4 -3 -4 -2 -3 -10 
    * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10  1 
    """
    x1=x.split('\n')
    x1=[i.split(' ') for i in x1 if len(i)>0]
    filter_fx=lambda x: len(x)!=0
    x1=[list(filter(lambda c: filter_fx(c),i)) for i in x1]
    x1=pd.DataFrame(x1).iloc[1:,:]
    x1.index=x1.loc[:,0].tolist()
    x1=x1.drop(0,axis=1)
    x1.columns=x1.index.tolist()[:x1.shape[1]]
    x1=x1.loc[x1.columns,x1.columns]
    return x1