Bioinformatics(생정보학) 썸네일형 리스트형 Synder 코호트 메타 및 돌연변이 정보 pdf파싱 후 엑셀에 맞게 변형함. 엑셀로 만들어야할 데이터들을 pdf로 만들어서 내보내는 NEJM의 변태성인지 아니면 저자들의 변태성인지 모르겠지만 여튼 정리하느라 무척 힘들었다. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25409260/ Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma - PubMed These findings define a genetic basis for benefit from CTLA-4 blockade in melanoma and provide a rationale for examining exomes of patients for whom anti-CTLA-4 agents are being .. 더보기 ChimeraX 단백질 구조 시각화 툴 https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/ UCSF ChimeraX Home Page UCSF ChimeraX UCSF ChimeraX (or simply ChimeraX) is the next-generation molecular visualization program from the Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI), following UCSF Chimera. ChimeraX can be downloaded free of charge for academi www.cgl.ucsf.edu 더보기 DeepDEP 도커 환경 DeepDEP는 저자들이 도커환경을 제공해주고 있지만 gpu가 호환이 안되는 문제가 발생할 수 있음 예측하는 것은 시간이 별로 안 걸리니 cpu로 학습 모델이 돌아가게 만듬. 훈련은 아마 할 수 있겠지만 시간이 매우 많이 걸릴 것으로 생각됨. # DeepDEP논문에 나온 github대로 하면 에러가 많이 생김 아마 gpu 호환 문제인거 같은데 정확히는 모르겠음 # 이 때문에 도커를 완전히 갈아 엎어서 새로 만듬. FROM ubuntu:18.04 RUN apt-get update RUN apt-get -y install software-properties-common RUN add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa # 파이썬 설치 RUN apt-get update RUN apt-.. 더보기 [msigdb] 아카이브 다운로드 http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads_archive.jsp GSEA | Login Items marked with * are required. www.gsea-msigdb.org 더보기 HLA nomenclature (명명법) https://synapse.koreamed.org/upload/synapsedata/pdfdata/0039kjlm/kjlm-30-203.pdf 더보기 생물정보학 혼자 시작할 때 좋은 무료 자료 DIY Transcriptomics https://diytranscriptomics.com/ DIY.transcriptomics – RNAseq course. A full course covering best practices for RNAseq data analysis, with a primary focus on empowering students to be independent in the use of lightweight and open-source software and the R/bioconductor environment. diytranscriptomics.com 직접 따라할 수있는 데이터와 스크립트를 제공해주는 RNAseq분석에 대한 강의이다. 서열 매핑/정렬 (alignment)와 정량 (.. 더보기 IEDB dataset https://www.iedb.org/database_export_v3.php IEDB.org: Free epitope database and prediction resource Free resource for searching and exporting immune epitopes. Includes more than 95% of all published infectious disease, allergy, autoimmune, and transplant epitope data. www.iedb.org IEDB 데이터베이스는 여러 곳에서 실험된 mhc-molecule과 peptide 또는 tcell과 면역원성 (immunogenicity)를 측정한 데이터들을 한 곳에 정리한 데이터베이스이다. 더보기 Position specific scoring matrix (PSSM) 구하는 방법 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/universalmotif/inst/doc/IntroductionToSequenceMotifs.pdf 더보기 이전 1 2 3 4 5 6 ··· 12 다음
