http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/install/
1. 다운로드
wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
2. 압축풀기
tar zxvf cufflinks-2.2.1.tar.gz
cd cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/
3. boost와 eigen위치 설정
1. boost library 설치
wget https://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.63.0/boost_1_63_0.tar.gz
tar zxvf boost_1_63_0.tar.gz
cd boost_1_63_0
./bootstrap.sh
./b2 install
## boost library는 아래의 경로에 설치될 것임.
/usr/local/include
/usr/local/lib
2. Eigen 설치
wget http://bitbucket.org/eigen/eigen/get/3.3.2.tar.bz2
tar -xvf 3.3.2.tar.bz2
cp -r Eigen /usr/local/share/Eigen
4. alias이용
nano ~/.bashrc
맨 아래에 아래의 글을 추가함
alias cufflinks='/cufflinks깔린곳/cufflinks'
컨트롤+x 누르기
y 누르기
enter키 누르기
. ~/.bashrc
chmod 775 cufflinks
cp cufflinks /usr/local/bin/cufflinks
5. gtf 파일 다운로드
grch37.75
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz
refseq
6. 실행하기
cufflinks -o res -G /mnt/reference/gtf/grch37.75/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf -u SF295_RNA.sorted.bam
-G : gtf파일의 경로
-o : output파일의 directory
-u : multi-read에 대해 rescue method를 사용할지에 대한 것
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