Gene Set enrichment analysis

Gene pattern 홈페이지

https://genepattern.broadinstitute.org/

Mutsig 홈페이지

http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp

Enrichment map

http://www.baderlab.org/Software/EnrichmentMap/Tutorial

GSEA 논문

http://www.pnas.org/content/102/43/15545.full

GSEA는 t.test나 wilcox테스트 방식과 달리 연속적인 값에 대한 분석을 하는 tool입니다.

 

mutsig에 broad institute에서 관리하는 geneset이 있습니다.

geneset이란 생물학적 기능이 연관된 유전자 예를들어 세포 주기(cell cycle)관련 유전자의 집합을 말하는 것일 수도 있고

하나의 전사인자(transcription factor)에 조절되는 유전자 그룹 등

하나 이상의 공통점을 갖는 유전자 집단을 정의한 것입니다.

이것에 대해 비모수 검정(non-parametric test)인 KS-test를 통해 p.value를 얻습니다.

permutation을 통해 경험적인 Enrichment score의 분포를 얻고 이를 통해 normalization을 합니다.

자세한 내용은 http://www.pnas.org/content/102/43/15545.full을 참고 바랍니다.

Gene symbol을 기준으로 할 때는

collapse dataset을 FALSE로 해야합니다.