cufflinks 깔기

http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/install/

1. 다운로드

wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz

2. 압축풀기

tar zxvf cufflinks-2.2.1.tar.gz

cd cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/

3. boost와 eigen위치 설정

1. boost library 설치

wget https://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.63.0/boost_1_63_0.tar.gz

tar zxvf boost_1_63_0.tar.gz

cd boost_1_63_0

./bootstrap.sh

./b2 install

## boost library는 아래의 경로에 설치될 것임.

/usr/local/include
/usr/local/lib

2. Eigen 설치

wget http://bitbucket.org/eigen/eigen/get/3.3.2.tar.bz2

tar -xvf 3.3.2.tar.bz2

cp -r Eigen /usr/local/share/Eigen

4. alias이용

nano ~/.bashrc

맨 아래에 아래의 글을 추가함

alias cufflinks='/cufflinks깔린곳/cufflinks'

컨트롤+x 누르기

y 누르기

enter키 누르기

. ~/.bashrc

chmod 775 cufflinks

cp cufflinks /usr/local/bin/cufflinks

5. gtf 파일 다운로드

grch37.75

wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz

refseq

6. 실행하기

cufflinks -o res -G /mnt/reference/gtf/grch37.75/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf -u SF295_RNA.sorted.bam

-G : gtf파일의 경로

-o : output파일의 directory

-u : multi-read에 대해 rescue method를 사용할지에 대한 것