mhcnuggets 도커파일

경고

mhcnuggets는 도커 관리가 개판인 것으로 보임. 잘 안된다.

이 문제는 텐서플로우 버전과 관련된 것으로 추정되는데 저자들이 안 고치고 있다. 2024년 3월 18일

# git : https://github.com/KarchinLab/mhcnuggets/tree/master
FROM python:3

COPY . mhcnuggets

WORKDIR /mhcnuggets

RUN python3 setup.py sdist bdist_wheel

RUN pip install dist/mhcnuggets-2.4.0.tar.gz
# 이부분은 에러가 생길 수 있는데 이 때는 mhcnuggets의 버전 이름을 바꿔야한다.
# git에 있는 버전은 계속 업데이트 되는거 같은데 dockerfile에 적힌 버전은 관리자가 업데이트를 안해
# 달라서 오류가 생긴다.
# 따라서, 2.3.2.tar.gz으로 된 것을 다운 받은 버전에 맞춰 바꿔주면된다.

ENTRYPOINT [ "./docker-entrypoint.sh" ]

위의 것 이후에 아래의 명령어를 실행한다.

docker build . -t osj-mhcflurry --network host

 

 

mhcnuggets에서 제공되는 도커도 있는데 python-interactive모드로 그냥 들어가서

따로 만듬.

 

 

# MHCnugget dockerfile

FROM ubuntu:18.04

#COPY . mhcnuggets
ENV TZ=Asia/Seoul
ARG DEBIAN_FRONTEND=noninteractive # 이걸 해야 선택옵션 없어짐


#FROM ubuntu:18.04
RUN apt-get update
RUN apt-get -y install software-properties-common
RUN add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa

# 파이썬 설치
#RUN apt-get -y install python3.5
#RUN update-alternatives --install /usr/bin/python3 python3 /usr/bin/python3.5 1

RUN mkdir /workdir
WORKDIR /workdir
RUN apt-get update && apt upgrade -y
RUN apt install software-properties-common -y
RUN add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa -y
#RUN apt install software-properties-common wget -y
#RUN cd /workdir
#RUN wget https://www.python.org/ftp/python/3.11.1/Python-3.11.1.tar.xz
#RUN tar -xf Python-3.11.1.tar.xz
#RUN cd Python-3.11.1
#RUN ./configure --enable-optimizations
#RUN make altinstall
RUN apt-get -y install python3.10 # --no-install-recommends
RUN update-alternatives --install /usr/bin/python3 python3 /usr/bin/python3.10 1
#RUN update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.10 1

# 파이썬 라이브러리 설치
RUN apt-get -y install python3-pip
RUN apt-get install curl -y
RUN curl -sS https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py | python3.10
#RUN python3.10 -m pip --version
RUN pip3 install --upgrade --ignore-installed pip setuptools
#RUN pip3 install uplink
RUN python3 -m pip install mhcnuggets
RUN python3 -m pip install pandas numpy