Mutect 설치

1. 아래의 사이트에 접속한다

http://archive.broadinstitute.org/cancer/cga/mutect_download

2. 비밀번호와 아이디를 입력하고 로그인한다.

3. How do I get Mutect? 탭을 클릭하고 license accept를 누른다.

4. Request download 클릭 그리고 here을 누름

5. muTect-1.1.4-bin.zip을 누르고 다운로드를 받는다.

6. 다운로드 받은 것을 압축을 풀어줌

unzip muTect-1.1.4-bin.zip -d ./mutect-1.1.4

7. 자바 버전을 적절하게 설정함 (1.1.4의 경우는 java 1.6임)

alternatives --config java (fedora의 경우)

sudo update-alternatives --config java (ubuntu의 경우)

8. 이름을 바꿔줌 (선택적임)

mv muTect-1.1.4.jar mutect.jar

9. 잘 돌아가는지 확인한다

java -jar mutect.jar

10. cosmic v54의 경우 같은 사이트에서 다운로드 받으면 됨

http://archive.broadinstitute.org/cancer/cga/mutect_download