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Bioinformatics(생정보학)

samtools 사용법

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1. unique하게 mapping된 read만 뽑기

samtools view -S -h -q 1 -F 4 ~~.sam -o ~~.sam

-F : 특정 flag의 read를 제거함

-f : 특정 flag의 read를 가짐

-q : 최소 minimum mapping quality score (MAPQ) 요구량

https://www.biostars.org/p/56246/

https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html # flag에 대한 값들 설명

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