GATK-somaticindeldetector

GATK somaticindeldetector는 더이상 지원되지는 않습니다.

그러나 종종 사용할 경우가 있기 때문에 적어둡니다.

java -jar /mnt/tools/gatk/gatk-2.2.9/GenomeAnalysisTK.jar -T SomaticIndelDetector --unpaired -R /mnt/reference/gatk_bundles/hg19/ucsc.hg19.fasta \

-filter 'COV<10' -filter 'CONS_CNT<4' -filter 'INDEL_F<0.01' -filter 'INDEL_CF<0.7' \

-dcov 50000 --maxNumberOfReads 50000 \ --min_mapping_quality_score 15 -rf DuplicateRead \

--filter_mismatching_base_and_quals -rf BadMate -rf UnmappedRead -rf NotPrimaryAlignment \ -rf MappingQualityUnavailable \

-rf MappingQuality --input_file:tumor KNS81_exo_realign.bam -o KNS81_indel.vcf --verboseOutput KNS81_indel.detail

--unpaired 는 single sample인지 또는 matched가 있는지 알려주는 것입니다.

paired인 경우는 없애면 됩니다.

-filter 부분에서 COV와 CONS_CNT 등이 있는데 만일 paired인 경우

Normal과 Tumor의 bam파일에서 각각 적용하고 싶은 filter를 N_또는 T_를 앞에 붙여 선택합니다.