전체 글 썸네일형 리스트형 bam file thred score 및 flag확인용 #!/bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -N g1 #$ -cwd for x in /scratch/sjoh/GBM/cancer/WXS_T/*.bam do echo "$x" y=${x##*/} echo "$y" samtools view $x | cut -f2,11 > /scratch/sjoh/GBM/cancer/WXS_T/quality/$y.result echo "/scratch/sjoh/GBM/cancer/WXS_T/quality/$y.result exported" done rm tmp #------------------ # This script is to investigate thred score in bam file #----------------- ''' Before running p.. 더보기 circular dendrogram 그리기 mat 더보기 읽을 논문거리들 A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lineshttp://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(17)30392-7 decomposing oncogenic transcriptional signatures to generate maps of divergent cellular stateshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28837809 더보기 RNAseq-multiple region mapping reads quantification # multiple mapping read에 대한 RNAseq count 최근 RSS 피드 구독으로 발견한 논문을 뜯어보다가 여기 계신 분들의 경험을 무료로 얻어갔으면 싶은 도둑놈 마음에 글을 올려봅니다. 얼마 전 BMC Bioinformatics에서 mmquant: how to count multi-mapping reads?(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=28915787)라는 타이틀의 논문이 눈에 띄었습니다. 질문의 요지는 위의 제목처럼 RNA-seq 분석에서 나오는 multi-mapping reads를 어떻게 처리해야 하는지 입니다. Read alignment를 위해서 어떤 tool을 사용하시든지 간에 결국 존재하는 동일 서열 영역이든 multi-copy .. 더보기 VEP, variant effect predictor cache download https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_cache.htmldownloading cachecd $HOME/.vepcurl -O ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-90/variation/VEP/homo_sapiens_vep_90_GRCh38.tar.gztar xzf homo_sapiens_vep_90_GRCh38.tar.gzmkdir homo_sapiensmv 90_GRCh38/ homo_sapiens/ perl /mnt/tools/vep/ensembl-tools-release-75/scripts/variant_effect_predictor/variant_effect_predictor.pl \ -i IRCR_BT15_929.. 더보기 vep 특정 genome 및 gtf파일 사용하기 특정 gtf와 reference genome을 다운로드 받음 0. HTS lib다운로드http://www.htslib.org/download/tar -xvf htslib-1.5.tar.bz2cd htslib-1.5makesudo make install # 또는 ./bgzip 을 쓰면 사용가능함. GTF사용 준비/home/sjoh/hg38/htslib/htslib-1.5 grep -v "#" data.gff | sort -k1,1 -k4,4n -k5,5n -t$'\t' | bgzip -c > data.gff.gz tabix -p gff data.gff.gz ./vep -i input.vcf -gff data.gff.gz -fasta genome.fa.gz 더보기 zip 기능들 unzip -l 파일.zipzip파일 안의 파일들을 보여줌 unzip -p myarchive.zip path/to/zipped/file.txt >file.txtzip 파일안의 특정 파일만 unzip하는 법 더보기 gbm single cell RNA seq data http://msb.embopress.org/content/12/11/889.long 더보기 이전 1 ··· 91 92 93 94 95 96 97 ··· 108 다음