Python 썸네일형 리스트형 파이썬 문자열 (string) 문자열은 문자, 단어 등으로 구성된 문자들을 말한다. 'Life is too short, You need python' "Life is too short, You need python" "123456" 위의 예시와 같이 큰 따옴표나 작은 따옴표로 감싸면 문자열로 만들 수 있다. 이외에도 주석용으로 자주 사용하는 '''나 """도 있다. '''Life is long, you need python''' """Life is long, Youn need python""" 자주 사용하지 않지만 같은 따옴표 내에 동일한 따옴표를 넣고 싶을 수도 있는데 예를들면 He's running을 작은 따옴표로 감쌀 때는 백슬래시 (\)를 사용해야한다. 'He's running' # SyntaxError: invalid syn.. 더보기 파이썬 사칙연산 데이터 분석에 자주 사용되는 R과 파이썬은 동일한 사칙연산을 기호들을 공유한다. 몇 가지 다른 경우들은 불렛 포인트로 달아 놓았다. 1. 덧셈 (+) # 파이썬 덧셈 a = 1 b = 4 a + b # 5 2. 뺄셈 (-) # 파이썬 뺄셈 a = 1 b = 5 a - b # -4 3. 나눗셈 (/) 몫을 구할 때는 //를 쓰면 된다. 나머지를 구할 때는 %를 쓰면된다. # 나눗셈 a = 10 b = 2 a/b # 5 # 몫 구하기 a//b # 5 # 나머지 구하기 a % b # 0 4. 곱셈 (*) x의 y승을 나타낼 때는 **를 쓴다. # 단순 곱셈 a = 3 b = 4 a * b # 12 # x의 y승 (**) a ** b # 3 x 3 x 3 x 3 # 81 더보기 파이썬 (python) 설치 파이썬을 설치하는 방법은 아래와 같다. 1. 구글에 '파이썬'을 검색하고 각자의 운영체제에 맞는 패키지를 다운 받는다. https://www.python.org/downloads/windows/ 리눅스나 맥은 기본적으로 설치 되어있다. 글을 쓰는 시점에서 버전 2.x는 지원이 종료될 예정이니 버전 3.x를 다운받아 설치하자. 윈도우의 경우 빨간색 박스가 쳐진 Windows installer를 다운받으면 된다. 2. 다운받은 설치파일을 실행한다. 크롬이나 엣지의 설정을 건들지 않았다면 '다운로드' 폴더에 저장되어 있을 것이다. Add Python 3.x to PATH를 하게되면 터미널을 실행 시에 복잡하게 경로를 잡아줄 필요 없이 파이썬을 실행할 수 있게 해준다. 3. 설치가 완료되면 close를 눌러 종.. 더보기 Finding shortest path in a (un)directed network. 파이썬의 networkx 라이브러리는 directional이나 undirectional에 대해 shortest path를 찾기 매우 용이하다. 알고리즘은 dijkstra이 default이다. directional의 경우 nx.DiGraph()로 만들어줘야한다. ''' tutorial B->A->D #1 A->C->D->E->B #2 ''' #------------------------------------ # un-directional network #------------------------------------ import networkx as nx undirection_net=nx.Graph() undirection_net.add_edge('b','a') #1 undirection_net.add_.. 더보기 유전자의 펩타이드 시퀀스 불러오는 함수 biopython을 잘 사용할 줄 알면 쉽게 할 수 있을지 모르겠으나 구글링을 해도 누군가 만들어 둔 것이 없고 튜토리얼은 nucleotide서열을 불러오는 것만 있어서 다른 라이브러리를 활용해 만듬. import requests as r from Bio import SeqIO from io import StringIO import mygene as mg import pandas as pd mg = mg.MyGeneInfo() def gene2peptide(gene,taxid=9606): ''' This function will return every uniprotID and peptide sequence for the given gene. :param gene : gene ids :param taxid.. 더보기 pandas 명령어들 df['column-name'].notna() : NA가 아닌경우 true 맞는 경우 false를 반환한다. df = df[df['EPS'].notna()] df.drop('column-name',axis=1) : column을 삭제할 때 사용한다. df.drop('index-name',axis=0) : index이름으로 row를 삭제한다. 더보기 drug-indication-collector.py (drugBank용) drug-bank에서 약물의 indication부분만을 크롤링하기 위한 스크립트임. # Get drug indication import numpy as np def drug_indication_extractor(soup): descriptions=soup.__str__().split('\n') identify_description=[] for i,j in enumerate(descriptions): if 'id="indication"' in j: identify_description.append(i) indication_string=descriptions[identify_description[0]:(identify_description[0]+2)] indication_text=[i.split('')[1].. 더보기 jupyter-notebook 외부접속서버 만들기 https://light-tree.tistory.com/111 [파이썬] 우분투 주피터 jupyter 원격 접속 서버 설정하는법, 오류 고치기 1. jupyter 에서도 같은 파일만 아니면 한명 이상의 유저가 서버에 접근해서 작업을 실행할 수 있습니다. 2. 제 OS환경은 우분투 16.04 버전입니다. 윈도우도 방화벽 해제랑 jupyter_notebook_config.py 파일 light-tree.tistory.com python3.11 이상부터는 jupyter notebook 설정이 좀 달라진듯 from jupyter_server.auth import passwd 설정파일의 NotebookApp는 c.ServerApp.allow_origin='*' 형태로 ServerApp로 바꿔줘야함. 더보기 이전 1 2 3 4 5 다음
