tophat2 설치

Tophat2는 RNAseq의 정보를 정량하기 위해 사용되는 프로그램입니다.

최신, tophat2를 다운받을 수 있는 곳은 아래와 같습니다.

https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml

또한 boost library가 필요합니다. 아래의 사이트에 들어가셔서 합니다. (1.47 이상으로 필요합니다.)

http://www.boost.org/users/download/

그리고 bowtie2가 필요합니다. 이외에 reference genome에 대한 indexing과정도 필요합니다.
http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml

설치는 다음과 같이 진행합니다.

1. boost를 다운로드 받는다.

2. ./bootstrap.sh

3. ./bjam --prefix=<YOUR_BOOST_INSTALL_DIRECTORY> link=static runtime-link=static stage install

4. tophat 다운로드 받기

5. tar zxvf tophat-2.0.0.tar.gz

6. cd tophat-2.0.0

7. ./configure --prefix=/path/to/tophat_base_dir  --with-boost=/path/to/boost_prefix_dir

8. make

8. make install

bowtie2 설치

1. 다운로드 받습니다.

2. 압축을 풀어줍니다.

3. 실행파일들이 tophat의 파일들과 함께 위치하도록 설정해줍니다.

reference genome을 다운로드 받습니다.

1. bowtie2 index --large-index reference.fa 결과물이름

필요한 gtf파일은 여기서 다운받으시면 됩니다.

https://ccb.jhu.edu/software/tophat/igenomes.shtml