htseq-count

http://www-huber.embl.de/HTSeq/doc/count.html

RNAseq의 mapping read count 구하는 것

htseq-count -s no -a 0 -t gene -i gene_name -f bam hbec30.rnaseq.r1.fastq.bam ../example/reference/gencode.v19.annotation.gtf > hbec30.r1.count

-t : gtf 파일의 3번 째 column의 feature 중 무엇을 쓸 것인지 (defalut exon)

-s : stranded data인지

-f : input format

-a : mapping quality filter (skip all reads with alignment quality lower than the given minimum value)

-i : <id attribute>, gene_name 또는 gene_id로 하면 gene 단위로 계산됨