fasta 파일의 특정 영역을 N으로 마스킹 (masking) 하기

1. 개요

 유전체 영역의 특정 지역의 서열 (A/T/G/C)를 N으로 지워야 할 때가 있을 수 있다.

이 때 사용할 수 있는 방법이다.

 

2. 내용

a. bedtools를 설치한다

b. 지울영역의 bed파일을 만든다.

bed파일의 형태는 chromosome, start, end이고 tab-deliminated 이며 header가 없어야 한다.

c. bedtools maskfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> -fo <output FASTA>

$ cat test.fa
>chr1
AAAAAAAACCCCCCCCCCCCCGCTACTGGGGGGGGGGGGGGGGGG

$ cat test.bed
chr1 5 10

$ bedtools maskfasta -fi test.fa -bed test.bed -fo test.fa.out

$ cat test.fa.out
>chr1
AAAAANNNNNCCCCCCCCCCGCTACTGGGGGGGGGGGGGGGGGG

https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/maskfasta.html

maskfasta — bedtools 2.31.0 documentation

 

3. 주의사항

fasta파일의 header정보가 일부 사라진다.

실행 전

실행 후