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Bioinformatics(생정보학)

계산된 blosum62 점수를 얻는 기능

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def blosum62_score():
    '''
    이 기능은 blosum62 score matrix 행렬과 20 x 20]
    이를 dictionary 형태로 바꾼 것을 주는 기능이다.
    #return
    return[0] = 24 x 24 blosum62 matrix
    return[1] = 24 x 24 blosum62 dictionary {('amino','acid'):score,......}
    '''
    import Bio
    from Bio.Align import substitution_matrices
    mat=substitution_matrices.load("BLOSUM62")
    alphabet=list(mat.alphabet)
    # DataFrame
    df=pd.DataFrame(mat,index=alphabet,columns=alphabet)
    # dictionary
    dic={}
    for aa in alphabet:
        for bb in alphabet:
            dic[(aa,bb)]=df.loc[aa,bb]
    return df,dic
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