전체 글 썸네일형 리스트형 ensembl archive ftp://ftp.ensembl.org/pub/ 더보기 특정 column만 뽑아내는 법 cat Homo_sapiens.GRCh37.74.gtf | cut -f9 | cut -d' ' -f2 > res cut은 기본적으로 tab 구분자로 진행함. -f 뒤의 수는 몇 번 째 column을 뽑을지 지정하는 것임-d' ' 는 space단위로 자르라는 것 sort res | uniq > res2 텍스트에서 uniq한 것만 뽑아내는 법https://unix.stackexchange.com/questions/11939/how-to-get-only-the-unique-results-without-having-to-sort-data 37.67 : 5765937.68 : 5957337.69 : 6038637.71 : 61893 37.72 : 62893 37.73 : 63152 37.74 : 6367737.7.. 더보기 PCA 분석의 개념 및 이론 (3) 자료 PCA lecture 3의 자료입니다. 더보기 for문으로 프로그램 돌리기 리눅스 #!/bin/bash # This is to run variant effect predictor version 37.75 indir=/mnt/yonsei/project/sjoh/vcf/vcfb12 # input directory outdir=/mnt/yonsei/project/sjoh/vcf/v75/ # Output directory tail='_vcf37_75.vcf' for x in $indir/*.vcf do echo $x y=${x##*/} #indir의 path를 지워줌 echo $outdir$y echo 'z' z=${y%_unfiltered.*} # 파일의 특정부분 뒷부분을 지움 별표된 부분을 지워줌. echo $z$tail perl /mnt/tools/vep/ensembl-tools-rel.. 더보기 CMap (Connectivity map) The Connectivity Map: using gene-expression signatures to connect small molecules, genes, and disease. 이중 repurposing-app에서는 drug target과 clinical phage 등을 확인할 수 있음https://clue.io/repurposing-app 더보기 Consensus clustering 샘플들을 frequency로 묶인정도를 파악한 후에 cluster의 robustness를 파악하는 방법임CDF의 유의미한 차이가 있는 것까지를 선택함. 2014년 scientific report에 따르면위의 방식이 최적의 k를 보장하지 않을 수 있다는 결과가 발표되었고이에 따라 PAC(Proportion of ambiguously clustered)로 파악하는 것이 좋다는 논문이 나옴Critical limitations of consensus clustering in class discovery, Scientific reportshttps://www.nature.com/articles/srep06207 PAC 계산 관련 R code https://www.biostars.org/p/198789/ #####.. 더보기 Cancersubtype 패키지 http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/CancerSubtypes/inst/doc/CancerSubtypes-vignette.html 더보기 pharmacogenomics alternative drug sensitivity metrics improve preclinical cancer pharmacogenomicsGR50 (Growth rate inhibition 50) : A measure of potency. it is the concentration of drug that reduces cell proliferation rate by one-halfGRmax : A measure of efficacy. it is the maximum effect of a drug at the highest tested concentrationGRaoc : Combines both in an integrated 'area over the curve' value Integrative C.. 더보기 이전 1 ··· 98 99 100 101 102 103 104 ··· 108 다음