전체 글 썸네일형 리스트형 Random forest (랜덤포레스트) feature selection R로 차근차근 cancer subtype의 feature selection과정을 보여주는 것 https://www.biostars.org/p/86981/ 더보기 tophat2 설치 Tophat2는 RNAseq의 정보를 정량하기 위해 사용되는 프로그램입니다. 최신, tophat2를 다운받을 수 있는 곳은 아래와 같습니다.https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml 또한 boost library가 필요합니다. 아래의 사이트에 들어가셔서 합니다. (1.47 이상으로 필요합니다.) http://www.boost.org/users/download/ 그리고 bowtie2가 필요합니다. 이외에 reference genome에 대한 indexing과정도 필요합니다. http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 설치는 다음과 같이 진행합니다.1. boost를 다운로드 받는다.2. ./bootstrap.sh.. 더보기 주식종목 다운로드 받는 곳 http://marketdata.krx.co.kr/mdi#document=040601 더보기 R 버전 업데이트(update) R버전 업데이트에 편한 패키지가 있습니다. installr 이라고 하는데요. 버전이 업데이트 된 이후, Rgui에서 진행하면 됩니다. library(installr)updateR() 이후 나오는 메시지들이 영어인데 기존 라이브러리를 옮겨올 것인지? (복사를 합니다.) 기존 라이브러리를 옮긴 후, 이전 버전의 폴더의 라이브러리를 지울지?옮긴 라이브러리를 업데이트할 지 등을 묻습니다. 적절하게 예(yes) 또는 아니오(no)를 클릭하면서 업데이트 하시면 됩니다. 간혹 library를 못 불러오는 경우가 있는데 아래의 명령어를 실행하시면 됩니다..libPaths('library가 있는 경로') 출처 https://www.r-statistics.com/2013/03/updating-r-from-r-on-wind.. 더보기 원격 접속 후 실행한 프로그램 계속 돌리는 법 (ssh) You could do that by using screen. Type man screen to find out more or read this screen man page. Simple scenario: ssh into your remote box. Type screen Then start the process you want.Press Ctrl-A then Ctrl-D. This will "detach" your screen session but leave your processes running. You can now log out of the remote box.If you want to come back later, log on again and type screen -r This will "r.. 더보기 EnrichmentMap Enrichment map양식 일부러 만드는 경우 The generic results file is a tab delimited file with enriched gene-sets and their corresponding p-values (and optionally, FDR corrections) The Generic Enrichment Results file needs: gene-set ID (must match the gene-set ID in the GMT file), gene-set name or description, p-value, FDR correction value Phenotype: +1 or -1, to identify enrichment in up- and down-regulatio.. 더보기 3d plot 그리기 rgl package library(rgl);library(knitr)knit_hooks$set(webgl=hook_webgl)plot3d(x,y,z, col='색깔',xlab=,ylab=,zlab=,type='s',size=1)rgl.postscript('pdf이름.pdf','pdf') # pdf파일 writeWebGL(filename = 'test.html') # html파일 더보기 VEP variant effect predictor 깔기 sudo apt install curl # Curl library 깔기 sudo apt-get install libdbi-perl # Perl의 dbi library 깔기# yum install perl-DBI # Redhat계열의 경우 curl -L -O https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/archive/release/88.zip # Git에서 ensembl 다운로드 받기(89버전이 최신 버전임) curl -L -O https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/archive/release/92.zip --insecure unzip 88.zipcd ensembl-vep-release-88/sudo perl INSTALL.pl --NO_HTSLIB.. 더보기 이전 1 ··· 100 101 102 103 104 105 106 ··· 108 다음
