본문 바로가기

전체 글

리눅스 화면 녹화(screenstudio) 리눅스에서 컴퓨터 화면을 레코딩하는 프로그램을 실행하는 법을 알아보겠습니다. screenstudio라는 프로그램이 괜찮습니다. 한국서버 kr.archive~~ 쪽은 지원이 안되는 것 같습니다. jp.archive로 미리 우분투 서버를 변경하기 바랍니다. screenstudio 해당 프로그램은 java 8에서 돌아갑니다. 아래의 커맨드를 터미널에 칩니다. 1. sudo add-apt-repository ppa:soylent-tv/screenstudio 2. sudo apt-get update 3. sudo apt-get install screenstudio4. sudo update-alternatives --config java # 자바 버전을 1.8로 설정합니다.5. screenstudio를 실행합니다. 더보기
리눅스 다운로드 서버 변경하는 법 (archive 변경) 한국 서버 kr.archive.ubuntu.com/ubuntu의 경우는 가끔 서버가 이상합니다.헤더 0%에서 멍때리는 경우가 있는데 이런 문제를 해결하려면 다른 국가 서버로 바꾸는게 좋습니다.이 글에서는 일본 jp.archive.ubuntu.com/ubuntu로 바꾸는 법을 소개하겠습니다. 1. 터미널 창에 들어갑니다. 2. sudo nano /etc/apt/sources.list 를 칩니다. 3. kr.archive.ubuntu.com/ubuntu의 kr부분을 jp로 바꿔줍니다. 4. Ctrl+ㅐ를 누르고 엔터키를 누릅니다. 이후 Ctrl+x를 하면 됩니다. 기타사항 가끔 sudo apt-get update를 할 경우 굉장히 시간이 오래걸리는 경우가 있습니다.이런 경우, 업데이트를 원하지 않는 항목에 .. 더보기
여러 vcf파일 하나로 합치기 ls *vcf > vcfs.list java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T CombineVariants -R $REF --variant vcfs.list -o combined.vcf -genotypeMergeOptions UNIQUIFY https://www.biostars.org/p/49730/ vcftoolsexport PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/perl/ #vcftools다운받은 곳 위치make chromosome 별로 나뉜 vcf합치는 법/mnt/tools/vcftools/vcftools_0.1.13/perl/vcf-concat -f vcfs.list > ESP_merged.vcf-f는 파일 명이 담긴 파일 아래의 형태임 ESP.. 더보기
GATK-somaticindeldetector GATK somaticindeldetector는 더이상 지원되지는 않습니다. 그러나 종종 사용할 경우가 있기 때문에 적어둡니다. java -jar /mnt/tools/gatk/gatk-2.2.9/GenomeAnalysisTK.jar -T SomaticIndelDetector --unpaired -R /mnt/reference/gatk_bundles/hg19/ucsc.hg19.fasta \-filter 'COV 더보기
java 설치 및 환경설정 1. Fedora java 1.6http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/java-archive-downloads-javase6-419409.html#jdk-6u45-oth-JPR들어가서 rpm.bin을 다운로드합니다.chmod +x jdk-6~~-rpm.bin # 으로 퍼미션을 줍니다../jdk-6~~.rpm.binrpm -ivh jdk-6u45-linux-i586.rpmrpm -ql jdkcd /usr/java/ # 들어가서 jdk6으로 시작하는 폴더가 생성됐는지 확인합니다.vi /etc/profile.d/java.sh #!/bin/bashexport JAVA_HOME="/usr/java/jdk1.6.0_45"export PATH="$PATH.. 더보기
특정 column에 글자 붙이기 awk '{print "붙이고 싶은 char"$0}' 바꾸고싶은파일.txt > 결과파일.txt$0는 1번 column$1는 2번 col임 http://stackoverflow.com/questions/19646372/sed-to-insert-characters-in-a-specific-column 특정 패턴의 글자 지우기sed 's/find/replace/' filereplace 부분에 아무것도 안 넣고 하면됩니다. 더보기
GATK-base quality score recalibration BQSR(Base Quality Score Recalibration)이것은 시퀀싱 기계 특이적 또는 분석파이프라인 특이적인 오류를 잡아주는데 사용하는 과정입니다. 필요한 것은BaseRecalibratorPrintReads 기능입니다. https://software.broadinstitute.org/gatk/guide/article?id=44 더보기
samtools 사용법 1. unique하게 mapping된 read만 뽑기samtools view -S -h -q 1 -F 4 ~~.sam -o ~~.sam-F : 특정 flag의 read를 제거함-f : 특정 flag의 read를 가짐-q : 최소 minimum mapping quality score (MAPQ) 요구량https://www.biostars.org/p/56246/https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html # flag에 대한 값들 설명 더보기

티스토리툴바