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우분투 노트패드 깔기 sudo add-apt-repository ppa:notepadqq-team/notepadqq sudo apt-get update sudo apt-get install notepadqq 더보기
ubuntu에서 R버전 업데이트하기 ubuntu Precise 버전의 경우sudo suecho "deb http://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/linux/ubuntu precise/" >> /etc/apt/sources.listsudo apt-get updatesudo apt-get install r-base ubuntu Xenial 버전의 경우(16.04)echo deb "http://cran.nexr.com/R/bin/linux/ubuntu xenial/" >> /etc/apt/sources.list sudo apt-get updatesudo apt-get install r-base 더보기
ubuntu에서 python설정하기 기본적으로 우분투를 비롯한 리눅스는 파이썬(python) 2가 깔려있습니다.하지만 최근 들어서 파이썬 3이 나오고 있는 상황입니다. 파이썬 3을 설치하고 사용하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 1. python3 설치하기sudo apt-get install python3위의 명령어는 파이썬 3가 설치되게 됩니다.python3 --version이것은 python3의 버전을 알 수 있습니다. 2. python3를 사용하는 방법python --version 의 경우 python2를 사용하게 됩니다.python3를 시작해야 python3를 사용할 수 있는데 다음의 명령어로 변경합니다. alias py3=python3이렇게 하면 py3는 python3와 같은 명령어가 됩니다.py3 --version 더보기
김윤아-봄날은 간다 https://youtu.be/vf6TWmxJZxY 더보기
랜덤포레스트(random forest) 출처 : 연세대 의과대학 연구부 통계지원실(Biostatics collaboration unit, BCU, 제 18호) http://blog.naver.com/PostView.nhn?blogId=jaehyubious&logNo=220360683098&parentCategoryNo=&categoryNo=49&viewDate=&isShowPopularPosts=false&from=section http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com.ssl.access.yonsei.ac.kr:8080/articles/10.1186/1471-2105-7-3 더보기
picard 설치하기 및 실행 1. sourceforge에 들어가서 적절한 버전을 선택해 다운로드wget https://sourceforge.net/projects/picard/files/picard-tools/1.73/picard-tools-1.73.zip 2. 압축풀기unzip picard-tools-1.73.zipcd picard-tools-1.73 3. java 버전 업데이트수동으로 깔 경우 반드시 필요함. 각 피카드는 각각의 자바버전에 맞춰서 진행해야함.1.73의 경우는 자바 1.6이어야함. 자바 1.6sudo apt-get install oracle-java6-installer 자바 1.7sudo apt-get install oracle-java7-installer 자바 1.8 sudo add-apt-repository p.. 더보기
UCSC gtf 파일 받기 Maybe what you want is the refFlat table from UCSC? Select Group: Gene and Gene prediction tracks; Track: RefSeq genes; Table: refFlat. Output format: GTF. A sample output for the Actb gene in mouse looks like this:출처 : http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=23361 더보기
chord plot(코드 플랏) http://stackoverflow.com/questions/14599150/chord-diagram-in-r circlizehttps://cran.r-project.org/web/packages/circlize/vignettes/visualize_relations_by_chord_diagram.pdf 더보기