전체 글 썸네일형 리스트형 구글,google 보호되어 있는 글입니다. 더보기 gatk bundle설치 1. xftp나 파일질라를 설치한 후에 엽니다. 2. 주소와 유저아이디 그리고 암호를 각각 아래의 방식으로 넣는다.location: ftp.broadinstitute.orgusername: gsapubftp-anonymouspassword: 3. /bundle에 들어간 후 자신이 원하는 bundle을 다운로드합니다. 더보기 python pip설치 페도라에서 설치하기1. pip 설치sudo yum install python-pip python-wheel 2. 원하는 페케지 설치법pip install ~~ 더보기 Mutect 설치 1. 아래의 사이트에 접속한다http://archive.broadinstitute.org/cancer/cga/mutect_download 2. 비밀번호와 아이디를 입력하고 로그인한다. 3. How do I get Mutect? 탭을 클릭하고 license accept를 누른다. 4. Request download 클릭 그리고 here을 누름 5. muTect-1.1.4-bin.zip을 누르고 다운로드를 받는다. 6. 다운로드 받은 것을 압축을 풀어줌unzip muTect-1.1.4-bin.zip -d ./mutect-1.1.4 7. 자바 버전을 적절하게 설정함 (1.1.4의 경우는 java 1.6임)alternatives --config java (fedora의 경우)sudo update-alternat.. 더보기 GATK(Genome Analysis Toolkit) 설치 #버전 4이상의 방법1. 아래의 사이트에 접속해 최신 GATK를 다운로드 한다. 2. /etc/bashrc에 alias gatk='/Path_to_gatk/gatk'를 설정 후 source /etc/bashrc를 실행 한다. 3. gatk실행을 위한 index파일들을 생성한다#dictionary 파일gatk CreateSequenceDictionary -R= Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa \-O= Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.dict#samtools fai파일samtools faidx Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa 4. dbSNP나 1000genom.. 더보기 우분투 노트패드 깔기 sudo add-apt-repository ppa:notepadqq-team/notepadqq sudo apt-get update sudo apt-get install notepadqq 더보기 ubuntu에서 R버전 업데이트하기 ubuntu Precise 버전의 경우sudo suecho "deb http://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/linux/ubuntu precise/" >> /etc/apt/sources.listsudo apt-get updatesudo apt-get install r-base ubuntu Xenial 버전의 경우(16.04)echo deb "http://cran.nexr.com/R/bin/linux/ubuntu xenial/" >> /etc/apt/sources.list sudo apt-get updatesudo apt-get install r-base 더보기 ubuntu에서 python설정하기 기본적으로 우분투를 비롯한 리눅스는 파이썬(python) 2가 깔려있습니다.하지만 최근 들어서 파이썬 3이 나오고 있는 상황입니다. 파이썬 3을 설치하고 사용하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 1. python3 설치하기sudo apt-get install python3위의 명령어는 파이썬 3가 설치되게 됩니다.python3 --version이것은 python3의 버전을 알 수 있습니다. 2. python3를 사용하는 방법python --version 의 경우 python2를 사용하게 됩니다.python3를 시작해야 python3를 사용할 수 있는데 다음의 명령어로 변경합니다. alias py3=python3이렇게 하면 py3는 python3와 같은 명령어가 됩니다.py3 --version 더보기 이전 1 ··· 102 103 104 105 106 107 108 다음