Bioinformatics(생정보학) 썸네일형 리스트형 bwa 설치 및 명령어 bowtie1. 다운로드1) https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/?source=typ_redirect2) 적절한 버전을 선택한다. 2. 압축을 푼다(unzip)tar jxf bwa-0.6.2.tar.bz2 3. make와 make install실행makemake install 4. path설정export PATH=$PATH:/mnt/tools/bwa-0.6.2진하게 쓴 부분은 bwa의 경로를 설정하면 된다. 5. /usr/local/bin 으로 bwa를 cp해서 옮긴다.cp /path/to/bwa /usr/local/bin/bwa 6. reference genome 다운로드 받기 및 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/.. 더보기 gsnap(genetech) install(설치) 1. 설치파일 다운로드http://research-pub.gene.com/gmap/ 2. root계정 활성화su 3. 설치파일 압축풀기tar xvzf gmap-gsnap-2017-01-14.tar.gz 4. configure 그리고 make 그리고 make installcd gmap-gsnap-2017-01-14./configuremakemake install 5. reference 파일 다운받기 및 reference build하기wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.gzgunzip -R Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.prim.. 더보기 Gene Set enrichment analysis Gene pattern 홈페이지https://genepattern.broadinstitute.org/ Mutsig 홈페이지http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp Enrichment maphttp://www.baderlab.org/Software/EnrichmentMap/Tutorial GSEA 논문http://www.pnas.org/content/102/43/15545.full GSEA는 t.test나 wilcox테스트 방식과 달리 연속적인 값에 대한 분석을 하는 tool입니다. mutsig에 broad institute에서 관리하는 geneset이 있습니다.geneset이란 생물학적 기능이 연관된 유전자 예를들어 세포 주기(cell cycle)관련 유전.. 더보기 이전 1 ··· 9 10 11 12 다음