Bioinformatics(생정보학) 썸네일형 리스트형 GATK(Genome Analysis Toolkit) 설치 #버전 4이상의 방법1. 아래의 사이트에 접속해 최신 GATK를 다운로드 한다. 2. /etc/bashrc에 alias gatk='/Path_to_gatk/gatk'를 설정 후 source /etc/bashrc를 실행 한다. 3. gatk실행을 위한 index파일들을 생성한다#dictionary 파일gatk CreateSequenceDictionary -R= Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa \-O= Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.dict#samtools fai파일samtools faidx Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa 4. dbSNP나 1000genom.. 더보기 랜덤포레스트(random forest) 출처 : 연세대 의과대학 연구부 통계지원실(Biostatics collaboration unit, BCU, 제 18호) http://blog.naver.com/PostView.nhn?blogId=jaehyubious&logNo=220360683098&parentCategoryNo=&categoryNo=49&viewDate=&isShowPopularPosts=false&from=section http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com.ssl.access.yonsei.ac.kr:8080/articles/10.1186/1471-2105-7-3 더보기 picard 설치하기 및 실행 1. sourceforge에 들어가서 적절한 버전을 선택해 다운로드wget https://sourceforge.net/projects/picard/files/picard-tools/1.73/picard-tools-1.73.zip 2. 압축풀기unzip picard-tools-1.73.zipcd picard-tools-1.73 3. java 버전 업데이트수동으로 깔 경우 반드시 필요함. 각 피카드는 각각의 자바버전에 맞춰서 진행해야함.1.73의 경우는 자바 1.6이어야함. 자바 1.6sudo apt-get install oracle-java6-installer 자바 1.7sudo apt-get install oracle-java7-installer 자바 1.8 sudo add-apt-repository p.. 더보기 UCSC gtf 파일 받기 Maybe what you want is the refFlat table from UCSC? Select Group: Gene and Gene prediction tracks; Track: RefSeq genes; Table: refFlat. Output format: GTF. A sample output for the Actb gene in mouse looks like this:출처 : http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=23361 더보기 TCGA data 다운로드 관련 https://www.biostars.org/p/96209/https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/tcgaBiolinks.html#tcgaanalyze_preprocessing-preprocessing-of-gene-expression-data-illuminahiseq_rnaseqv2 source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks) # Gene expression downloadluadexp 더보기 ARACNE R package Algorithm for the Reconstruction of Accurate Cellular NEtworkssource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite('minet') data(syn.data)mim 더보기 ensembl 버전별 archive http://asia.ensembl.org/info/website/archives/index.html?redirect=no gtf 파일 등을 받을 수 있는 곳 37.75 gtf를 받으려면 wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz 더보기 cufflinks 깔기 http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/install/1. 다운로드wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 2. 압축풀기tar zxvf cufflinks-2.2.1.tar.gzcd cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/ 3. boost와 eigen위치 설정1. boost library 설치wget https://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.63.0/boost_1_63_0.tar.gztar zxvf boost_1_63_0.tar.gzcd boost_1_63_0.. 더보기 이전 1 ··· 8 9 10 11 12 다음
