Bioinformatics(생정보학) 썸네일형 리스트형 EnrichmentMap Enrichment map양식 일부러 만드는 경우 The generic results file is a tab delimited file with enriched gene-sets and their corresponding p-values (and optionally, FDR corrections) The Generic Enrichment Results file needs: gene-set ID (must match the gene-set ID in the GMT file), gene-set name or description, p-value, FDR correction value Phenotype: +1 or -1, to identify enrichment in up- and down-regulatio.. 더보기 VEP variant effect predictor 깔기 sudo apt install curl # Curl library 깔기 sudo apt-get install libdbi-perl # Perl의 dbi library 깔기# yum install perl-DBI # Redhat계열의 경우 curl -L -O https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/archive/release/88.zip # Git에서 ensembl 다운로드 받기(89버전이 최신 버전임) curl -L -O https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/archive/release/92.zip --insecure unzip 88.zipcd ensembl-vep-release-88/sudo perl INSTALL.pl --NO_HTSLIB.. 더보기 여러 vcf파일 하나로 합치기 ls *vcf > vcfs.list java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T CombineVariants -R $REF --variant vcfs.list -o combined.vcf -genotypeMergeOptions UNIQUIFY https://www.biostars.org/p/49730/ vcftoolsexport PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/perl/ #vcftools다운받은 곳 위치make chromosome 별로 나뉜 vcf합치는 법/mnt/tools/vcftools/vcftools_0.1.13/perl/vcf-concat -f vcfs.list > ESP_merged.vcf-f는 파일 명이 담긴 파일 아래의 형태임 ESP.. 더보기 GATK-somaticindeldetector GATK somaticindeldetector는 더이상 지원되지는 않습니다. 그러나 종종 사용할 경우가 있기 때문에 적어둡니다. java -jar /mnt/tools/gatk/gatk-2.2.9/GenomeAnalysisTK.jar -T SomaticIndelDetector --unpaired -R /mnt/reference/gatk_bundles/hg19/ucsc.hg19.fasta \-filter 'COV 더보기 GATK-base quality score recalibration BQSR(Base Quality Score Recalibration)이것은 시퀀싱 기계 특이적 또는 분석파이프라인 특이적인 오류를 잡아주는데 사용하는 과정입니다. 필요한 것은BaseRecalibratorPrintReads 기능입니다. https://software.broadinstitute.org/gatk/guide/article?id=44 더보기 samtools 사용법 1. unique하게 mapping된 read만 뽑기samtools view -S -h -q 1 -F 4 ~~.sam -o ~~.sam-F : 특정 flag의 read를 제거함-f : 특정 flag의 read를 가짐-q : 최소 minimum mapping quality score (MAPQ) 요구량https://www.biostars.org/p/56246/https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html # flag에 대한 값들 설명 더보기 gatk bundle설치 1. xftp나 파일질라를 설치한 후에 엽니다. 2. 주소와 유저아이디 그리고 암호를 각각 아래의 방식으로 넣는다.location: ftp.broadinstitute.orgusername: gsapubftp-anonymouspassword: 3. /bundle에 들어간 후 자신이 원하는 bundle을 다운로드합니다. 더보기 Mutect 설치 1. 아래의 사이트에 접속한다http://archive.broadinstitute.org/cancer/cga/mutect_download 2. 비밀번호와 아이디를 입력하고 로그인한다. 3. How do I get Mutect? 탭을 클릭하고 license accept를 누른다. 4. Request download 클릭 그리고 here을 누름 5. muTect-1.1.4-bin.zip을 누르고 다운로드를 받는다. 6. 다운로드 받은 것을 압축을 풀어줌unzip muTect-1.1.4-bin.zip -d ./mutect-1.1.4 7. 자바 버전을 적절하게 설정함 (1.1.4의 경우는 java 1.6임)alternatives --config java (fedora의 경우)sudo update-alternat.. 더보기 이전 1 ··· 7 8 9 10 11 12 다음
