Bioinformatics(생정보학) 썸네일형 리스트형 srr 데이터 다루기 # SRR 데이터 다운로드 받기1. SRR toolkit설치#sudo apt install srr-toolkit을 하게되면 옛날 버전을 다운받아서 사용할 수 없음 srr toolkit은 홈페이지 들어가서 다운로드 받은 후에 압축풀고vi ~/.bashrc 에서export path~~~~할 것2. SRR study id를 알아낼 것https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP042161 들어가면 runtable과 SRR_Acc_List.txt 다운받을것 2. (선택사항)SRR_ACC_List.txt를 쪼개기sed -n 1,50p SRR_Acc_List.txt > p1.txt sed -n 51,100p SRR_Acc_List.txt > p2.txt sed -n .. 더보기 RSEM tools wget http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/src/rsem-1.2.21.tar.gz tar xf rsem-1.2.21.tar.gz cd rsem-1.2.21 make make ebseq 이후 reference file에 대해 rsem index를 만들어야함 아래는 bowtie index를 만드는 것으로 patel 2014 gbm data를 위해서 사용한 것임.reference genome은 gtf에 맞는 것을 써야함. #!/bin/bash rsem-prepare-reference --gtf ensGene.20151111.new_name.gtf \ --bowtie \ /mnt/reference/hg19/wholegenome.fa \ /mnt/reference/samsung.. 더보기 유용한 bioinformatics tool들 http://cancerres.aacrjournals.org/CompRes?utm_source=landing&utm_medium=clarivatenov17&utm_campaign=compresfocus 더보기 RNAseq-multiple region mapping reads quantification # multiple mapping read에 대한 RNAseq count 최근 RSS 피드 구독으로 발견한 논문을 뜯어보다가 여기 계신 분들의 경험을 무료로 얻어갔으면 싶은 도둑놈 마음에 글을 올려봅니다. 얼마 전 BMC Bioinformatics에서 mmquant: how to count multi-mapping reads?(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=28915787)라는 타이틀의 논문이 눈에 띄었습니다. 질문의 요지는 위의 제목처럼 RNA-seq 분석에서 나오는 multi-mapping reads를 어떻게 처리해야 하는지 입니다. Read alignment를 위해서 어떤 tool을 사용하시든지 간에 결국 존재하는 동일 서열 영역이든 multi-copy .. 더보기 VEP, variant effect predictor cache download https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_cache.htmldownloading cachecd $HOME/.vepcurl -O ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-90/variation/VEP/homo_sapiens_vep_90_GRCh38.tar.gztar xzf homo_sapiens_vep_90_GRCh38.tar.gzmkdir homo_sapiensmv 90_GRCh38/ homo_sapiens/ perl /mnt/tools/vep/ensembl-tools-release-75/scripts/variant_effect_predictor/variant_effect_predictor.pl \ -i IRCR_BT15_929.. 더보기 vep 특정 genome 및 gtf파일 사용하기 특정 gtf와 reference genome을 다운로드 받음 0. HTS lib다운로드http://www.htslib.org/download/tar -xvf htslib-1.5.tar.bz2cd htslib-1.5makesudo make install # 또는 ./bgzip 을 쓰면 사용가능함. GTF사용 준비/home/sjoh/hg38/htslib/htslib-1.5 grep -v "#" data.gff | sort -k1,1 -k4,4n -k5,5n -t$'\t' | bgzip -c > data.gff.gz tabix -p gff data.gff.gz ./vep -i input.vcf -gff data.gff.gz -fasta genome.fa.gz 더보기 머신러닝 무료 책들 (machine learning) 더보기 ensembl archive ftp://ftp.ensembl.org/pub/ 더보기 이전 1 ··· 5 6 7 8 9 10 11 12 다음
