Bioinformatics(생정보학) 썸네일형 리스트형 FPKM to TPM conversion TPM=FPKM(sum of FPKM)x10^6 증명 (Proof) MR : Number of Mapped Read to a geneGL : A gene's Gene LengthTMP : Number of Total Mapped Read 더보기 bcftools, VCF 파일 다루기 최신 버전의 bcftools를 다운로드 받는다. http://www.htslib.org/download/ 압축을 푼다tar -xvf bcftools1.8.bz2 makemake installvi /etc/bashrcalias bcftools_1.8='path/to/bcftools'source /etc/bashrc 더보기 RNAseq variant calling BROAD institute bestpractice대로 진행함.단 아래 사이트에 있는 것이 오래된 버전인지 명령어 중에 안되는 것들이 있어서 수정을함.썼던 스크립트 파일은 함께 첨부함.https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article.php?id=3891 간단한 순서 및 스크립트들1. STAR 2-pass로 alignment진행2. GATK AddOrReplaceReadGroups 실행gatk AddOrReplaceReadGroups I=star_output.sam O=rg_added_sorted.bam SO=coordinate RGID=id RGLB=library RGPL=platform RGPU=machine RGSM=sample 3. M.. 더보기 STAR aligner # RNAseq에서 쓰일 수 있는 aligner임.http://labshare.cshl.edu/shares/gingeraslab/www-data/dobin/STAR/STAR.posix/doc/STARmanual.pdf # 설치, 2.5.4b가 가장 최신이므로 이걸 설치함.wget --no-check-certificate https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.4b.zipunzip 2.5.4b.zipcd source && makevi /etc/bashrcalias STAR='/path_to_STAR/STAR' #맨 아래에 붙여넣고 저장source /etc/bashrcSTAR # Reference index만들기, GRCH37.75 ENSEMBL버전이 있다고 가정하.. 더보기 TRIMMOMATIC Sequencing file의 adaptor sequence 자르기와 base quality조절용 프로그램. http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic # 설치는 리눅스wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36.zip --no-check-certificateunzip Trimmomatic-0.36.zip # 환경설정vi /etc/bashrcalias trimmomatic='java -jar /파일경로/trimmomatic-0.36.jar' #맨 밑에 쓰고 ESC+:wqsource /etc/bashrc # 동기화trimmomatic # 실행여부확인 # 실행법.. 더보기 MIT open course work https://ocw.mit.edu/courses/biology/Systems biology 부분https://ocw.mit.edu/courses/physics/8-591j-systems-biology-fall-2014/ Computer 부분https://ocw.mit.edu/courses/electrical-engineering-and-computer-science/ 더보기 머신러닝, R, 파이썬 공짜 ebook들 https://www.kdnuggets.com/2015/09/free-data-science-books.html 더보기 Inverse normal transformation Inverse Normal TransformationINTs are ways of transforming the sample distribution of a continuous variable to make it appear more normally distributed.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2921808/ 생존분석 coxphhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4815555/ 예제expression=c(rnorm(100,mean=100,sd=10),rnorm(100,mean=10,sd=1))plot(density(expression))rnk=rank(expression, na.last="keep")ex.. 더보기 이전 1 ··· 4 5 6 7 8 9 10 ··· 12 다음
